农业综合开发农业部专项投资安排的总体思路是：深入贯彻今年中央1号文件以及中央农村工作会议精神，以提高农业综合生产能力，实现粮食稳定增产、农业持续增效、农民继续增收为目标，进一步加大对良种繁育、优势特色种养示范的投资力度，建设一批区域骨干性、示范指导性项目，有效改善农业基础设施条件，促进农业和农村经济健康发展。主要安排良种繁育及加工基地、原原种扩繁、草种繁育基地、园艺产品良种繁育及生产示范基地、畜禽良种繁育、水产品苗种繁育及养殖（含深水网箱养殖）基地、秸秆养畜等7类项目。

一、良种繁育及加工基地项目

    为加速推进我国种子产业建设步伐，提高优势种子企业的综合实力和竞争能力，国家农业综合开发良种繁育类专项，以水稻、小麦、玉米等主要粮食作物良种繁育及加工为重点，同时兼顾棉花和杂粮作物良种繁育，通过项目建设，进一步提高主要粮食作物的良种供应能力，确保粮食安全和农民增收。拟在北京、河北、内蒙古、辽宁、吉林、江苏、浙江、安徽、山东、河南、湖北、湖南、四川、甘肃、宁夏、新疆和新疆生产建设兵团等地选建。

二、原原种扩繁项目

    重点扶持位于农业主产区特别是我部确定的优势农产品区域内的优质水稻（含超级稻）、专用小麦、专用玉米、高油大豆等四大粮食作物新品种的原原种、原种扩繁；兼顾其它地区具有一定优势和特色的双低油菜、棉花、谷子、花生、甘薯、马铃薯、啤酒大麦等农作物的原原种、原种扩繁。

东北地区专用玉米、高油大豆优势区域；黄淮海专用玉米和强筋小麦优势区域；长江流域、东北平原及东南沿海地区水稻优势区域；长江中下游弱筋小麦、双低油菜优势区域；同时，适当兼顾北方棉花和小杂粮等优势区域。

三、草种繁育基地项目

  1、拟繁育的品种须符合种草养畜和生态建设需要，市场前景良好。

  2、拟繁育的品种须已经全国牧草品种审定委员会审定通过。

  3、须在拟繁育品种的制种优势区内进行基地建设。

四、园艺类良种繁育及示范基地

    重点扶持位于优势区或出口重点区域内的优势及特色园艺产品良种（种苗）繁育基地和标准化生产示范基地建设。

五、畜禽良种繁育项目

    扶持猪、羊、禽类（重点为水禽），兼顾兔、蜂等特色小品种。通过畜禽良种的引进、扩繁和选育，以及人工授精和胚胎移植等技术，开展纯种繁育，扩大良种数量，进一步提高良种覆盖率，增加优质畜产品产量，增强畜产品的出口竞争力。

六、水产类项目

  包括淡水苗种繁育及养殖项目和深水网箱养殖项目两类。

  1、淡水苗种繁育及养殖项目

    在中西部地区重点发展团头鲂、长吻、中华倒刺、斑点叉尾鮰、虹鳟等品种，建设名优水产品苗种繁育基地、商品鱼基地。

  2、深水网箱养殖项目

    浙江、福建、山东、广东、海南、青岛。

七、秸秆养畜项目

    属于农业主产区的东北肉牛奶牛优势产业带、黄淮海肉牛肉羊优势产业带为重点区域，西北、西南肉牛、肉羊集中生产地区为次重点地区。